二手質(zhì)譜儀重要的應用是分離同位素并測定它們的原子質(zhì)量及相對豐度，測定原子質(zhì)量的精度超過化學測量方法，大約2/3以上的原子的質(zhì)量是用質(zhì)譜方法測定的。
　　由于質(zhì)量和能量的當量關(guān)系，由此可得到有關(guān)核結(jié)構(gòu)與核結(jié)合能的知識，對于可通過礦石中提取的放射性衰變產(chǎn)物元素的分析測量，可確定礦石的地質(zhì)年代，還可用于有機化學分析，特別是微量雜質(zhì)分析，測量分子的分子量，為確定化合物的分子式和分子結(jié)構(gòu)提供可靠的依據(jù)，由于化合物有著像指紋一樣的獨特質(zhì)譜，質(zhì)譜儀在工業(yè)生產(chǎn)中也得到廣泛應用。
　　功能簡介：
　　1.可以提供傳統(tǒng)裂解方法無法得到的信息息；
　　2.脈沖碰撞能量誘導解離功能可以提供低質(zhì)量端碎片離子信息；
　　3.高選擇MS/MS分析給譜圖在數(shù)據(jù)庫和譜庫檢索更好的匹配，提高了結(jié)構(gòu)確證的可靠性。另外快速極性切換，母離子相關(guān)MS3數(shù)據(jù)關(guān)聯(lián)掃描，可以對翻譯后修飾和代謝物組成的鑒定進行智能、快速分析，還可以和高端的回旋共振質(zhì)譜組合成先進的多級高分辨雜交質(zhì)譜儀；
　　4.自動數(shù)據(jù)依賴性多級質(zhì)譜采集技術(shù)不僅為用戶提供預測代謝物(母離子列表)結(jié)構(gòu)信息，也能提供未預測到的代謝物結(jié)構(gòu)信息；
　　5.二手質(zhì)譜儀的主要裝置放在真空中，將物質(zhì)氣化、電離成離子束，經(jīng)電壓加速和聚焦，然后通過磁場電場區(qū)，不同質(zhì)量的離子受到磁場電場的偏轉(zhuǎn)不同，聚焦在不同的位置，從而獲得不同同位素的質(zhì)量譜。